Introduction aux systèmes dynamiques

Diverses approches expérimentales et/ou bio-informatiques permettent d’obtenir des données (quantitatives et /ou qualitatives) relatives aux protéines et à l’expression des gènes. La modélisation de réseaux biologiques fournit un cadre où ces observations expérimentales peuvent être étudiées et analysées, en fonction du type d’observation et de connaissances disponibles.

L’objectif de cette formation est d’introduire les différentes notions nécessaires pour débuter dans le domaine de la modélisation de systèmes en s’appuyant sur des exemples pratiques. On se concentrera sur une application à la modélisation de réseaux transcriptionnels.

Définition d’un réseau : un même concept pour de multiples significations :
- réseau de régulation génique ;
- réseau métabolique ;
- réseau protéine-protéine ;
- corrélations bibliographiques.

Informations concernant les interactions disponibles dans différentes bases de données :
- KEGG, Ingenuity, Ecocyc, YGD, MINT, BIND, Transpath…

Visualisation des réseaux :
- formats classiques SBML et BioPax ;
- logiciels : Cytoscape et plugins associés.

Confrontation et annotation des réseaux et données.

Exploration des réseaux :
- annotations Gene Ontology ;
- différentes corrélations.

Les programmes détaillés et des informations complémentaires sont consultables sur le site de la plate-forme bio-informatique GenOuest : http://www.genouest.org (rubrique formation).

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