Introduction à Python en sciences biologiques

Maîtriser le langage Python pour le développement d’applications en bioinformatique.

Journée 1

Introduction :
- introduction aux concepts de programmation de haut/bas niveau, orienté objet ou non, interprétés / compilés ; quand, comment, pourquoi utiliser tels ou tels type de langages + exemples ; De l’importance des librairies disponibles ; comparaisons de quelques langages ;
- histoire du langage python, philosophie, portage, de son utilisation, concurrent (Ruby et consorts).

Cours de base (pré-requis : avoir une connaissance de base de ces notions) :
- variables, types de données ;
- boucles ;
- conditions ;
- fonctions ;
- librairies ;
- objets/classes à avantages, exemple de creations d’interfaces graphiques conviviales ;
- gestion dynamique des erreurs (essais/exceptions) ;
- gestion de données externalisées : fichiers (bases de données ?) ;
- pseudo-compilation de package pour distribution, présentation Nsis ? ;
- quelques mots sur BioPython (à développer si besoin en fonction du public) ;
- quelques mots sur l’utilisation de C, R ou Matlab dans Python.

Pratique :
- installation, interfaces, prise en main, différences suivant les systèmes utilisés ;
- boucles, conditions, gestion des données (listes, tableaux, fichiers, objet).

Journée 2

Pratique sur des problèmes concrets :
- analyse de code génétique, expressions régulières en python ;
- programmation de calculs matriciels : utilisation de Numpy, Maths, Matplotlib ;
- créer des simulations stochastiques ;
- créer une interface graphique pour la gestion de l’un des 3 problèmes au dessus.

Pratique personnelle suivant intérêts.

Les programmes détaillés et des informations complémentaires sont consultables sur le site de la plate-forme bio-informatique GenOuest : http://www.genouest.org (rubrique formation).

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